W pierwszym wieku chrześcijanie byli prześladowani z różnych powodów. Wczesny Kościół szybko się rozrastał. W miarę rozprzestrzeniania się przybierał strukturę hierarchiczną. Istnieli lokalni księża, po których następowali regionalni biskupi. Mieli też biskupa monarchicznego. Jednym z powodów, dla których byli prześladowani, była odmowa przyjęcia cesarza jako boga.
W drugim wieku rozpoczęły się bardziej systematyczne prześladowania chrześcijan. Było ono jeszcze bardziej brutalne niż pierwsze. Tym razem państwo wykorzystało swoje środki, aby zniszczyć Kościół. Edykty wydane przez cesarza Septymiusza Sewera były znacznie bardziej szczegółowe. Obejmowały one niszczenie kościołów i biskupów, a także nawracanie.
Wcześni chrześcijanie wierzyli, że Jezus jest Synem Bożym i że tylko chrześcijanie są prawdziwymi wyznawcami. Ta wiara czyniła ich niepatriotycznymi. W rezultacie Rzymianie uważali, że chrześcijaństwo jest ruchem powstańczym przeciwko imperium. Kiedy tylko pojawiał się kryzys lub sytuacja nadzwyczajna, społeczność chrześcijańska stawała się cierniem w boku Imperium. Ponadto, ponieważ nie byli skłonni do żadnych poświęceń, byli postrzegani jako niepatrioci.
Prześladowania chrześcijan w pierwszym wieku były mieszanką prześladowań ze strony państwa, prześladowań ze strony Kościoła oraz prześladowań ze strony innych religii. Prześladowania chrześcijan w I wieku miały miejsce w Egipcie, Syrii, Afryce Północnej i Wschodniej. Jednak największe źródło prześladowań znajdowało się na terenie cesarstwa. Wielu chrześcijan było zabijanych i torturowanych, a ich domy były palone do ziemi. Niektórzy chrześcijanie byli wystawiani na śmierć jako ludzkie świece.
W I wieku chrześcijanie byli oskarżani o świętokradztwo za to, że nie czcili bogów państwowych. Oskarżano ich również o spiskowanie przeciwko cesarzowi. Z powodu tych zarzutów o wspólnocie chrześcijańskiej krążyło mnóstwo zaczepek i fałszów.
Chociaż cesarz dysponował dużą armią, nie mógł samodzielnie pokonać kościoła chrześcijańskiego. Dlatego cesarzowi pomagało wielu zdolnych filozofów. Przed rozpoczęciem wielkiej bitwy skonsultował się nawet z wyrocznią. Jednak wyrocznia okazała się niedokładna. W konsekwencji cesarz obwinił chrześcijan o wielki pożar w AD 64.
Innym powodem prześladowania chrześcijan były ich roszczenia do bycia jedyną i prawdziwą religią. Choć istniało wielu fałszywych bogów, wiara chrześcijańska była jedyną, która oferowała obietnicę wiecznego domu z Bogiem. Pomimo prześladowań, utrzymywali wyższą moralność i kompas moralny niż poganie.
W końcu kościół zyskał oparcie w imperium i hierarchia obawiała się, że wykolei supremację cesarza. Kiedy Konstantyn został nowym cesarzem w 313 roku, zakończył prześladowania chrześcijan. Jednocześnie zachował niektóre aspekty pogaństwa.
Chociaż wczesne chrześcijaństwo nie posiadało świątyń ani bożków, jego twierdzenie, że jest jedyną i prawdziwą religią, było wielką sprawą. W rzeczywistości istniało tak wiele fałszywych religii, że w końcu ustąpiły one miejsca chrześcijaństwu. W przeciwieństwie do pogan, chrześcijanie nie wierzyli w pogański kult czy magię.